은하철도 이야기 시즌 2 지구에서부터 시작된 인간의 우주 개척은 활발하게 진행되었다. 이 개척의 중심에는 은하철도의 발달이 있었고... 거의 전 우주로까지 영역이 넓혀진 은하철도인 만큼 안전관리가 필수사항이 되었고, 이 임무를 수행하기위해 SDF라는 은하철도 경비대가 탄생하게된다. 유키 와타루는 이 SDF소속 시리우스 소대의 소대장으로 있으면서 그간 많은 업적을 쌓아올렸다. 잠시 데스티니에 있는 집에 들렀다 비상호출을 받고 다시 출동하게된 와타루... 그러나 그의 두 아들이 몰래 잠입하여 이들과 함께 비상사태가 발생한 장소로 출동하게된다. 한 편, 이 비상…